Где лежат файлы контента и как на них ссылаться:

Контентные файлы физически располагаются в папке ./data/content/ в расширении .php, однако видны браузером в корневой директории CMS и в расширении .htm

Налицо несовпадение мест дислокации и расширений. Что может озадачить.

Это нормально и не должно вызывать никаких вопросов. Движок транслирует содержимое папки контента и любых вложенных в неё фолдеров (с документами в них) в образ соответствующей файловой структуры, растущей из корня движка, попутно исполняя все РНР скрипты, содержащиеся в обрабатываемых движком документах, и считая, что результирующее расширение этих документов именно .htm

Понятное дело, что и ссылаться на такие документы с кнопок навигации (это прописывается в меню) нужно как к .htm документам в корне скрипта.

Также не должно возникать никаких мыслей типа "А почему я не могу обратиться к папке content и любому файлу в ней браузером?".

Папка content недоступна из Веба, и к ней нельзя (и не нужно пытаться) обратиться браузером. А все дополнительные файлы (картинок и тому подобного) следует раскладывать по вспомогательным папкам в корне движка- это может быть фолдер i, tmp, и любой другой, созданный Вами.

О жадности “Наны”.

Вы должны быть готовы к тому, что все URL-ы с расширением .htm, расположенные в корне движка или глубже (то есть в любых фолдерах в папке скрипта), “Нана” посчитает своими. Если у Вас есть какой-то файлик в указанных местах и в указанном расширении, выполненный не на движке этой кмски, а вполне себе самостоятельный, то открыть его браузером Вы не сможете.

Что же происходит?

Приняв URL, ведущий в корневую папку себя или глубже, “Нана” откроет его в своей оболочке, пытаясь при этом найти соответствующие документы в папке контента, либо вложенном в неё фолдере, если URL ведёт куда-то глубже. Соответственно, при ненахождении таких документов в себе, “Нана” предсказуемо скажет на экран про ненайденность документа.

Это совершенно нормальное поведение.

Поэтому, держа в корне “Наны” папочку с файликами в указанном расширении, не удивляйтесь, что не можете открыть их URL-ы браузером, а нарываетесь на кмску. Либо выносите папочку за пределы корневой папки скрипта, либо давайте им другое расширение. Например, .html или .shtml

О вложенности нескольких “Нан”.

Ввиду того, что в папке контента данного движка можно размещать сколь угодно сложную структуру директорий, и для каждой такой директории задавать свой дизайн, если это потребуется, необходимости во вкладывании Нан друг в дружку вроде бы не возникает.

Однако, если на Вашем хосте присоединённые домены и субдомены в файловой структуре хостера выглядят как папки, вложенные в папочку основного домена, непременно возникнет вопрос: а можно ли в этих присоединённых доменах и субдоменах в качестве движка поставить Нану, если в основном домене Нана уже стоит?

Ведь так получается, что формально в корневой папке Наны у Вас будут папки с другими Нанами.
Такая матрёшка разрешена?
Наружная Нана не будет "жадной", как это рассказано чуть выше?

Да, разрешена.
В данном случае жадность не проявляется.